2012 생물정보학(NC30100) 수업 홈페이지

공지사항 

16. NGS report

NGS 특강 때문에 report가 하나 더 늘어나서 미안하게 생각함. ;-)

그래도 중요한 새로운 정보들을 다루는 것이므로 반드시 집에서 다시 해서 성공해 보고 확인 리포트를 제출하시오. 아래 링크를 참조할 것.

  REPORT내용   <-- 업데이트 되었음

그리고 마지막 수업은 Linux라는 서버 운영체제를 경험한 것이니 Linux 명령어에 대한 일반 사항을 아래 링크해 놓았으니 참고 하시오.

  linux 기본 명령어들 

 

17. 방학 중 인턴연구원 모집

교과시간에 여러번 언급한 대로 식물분자계통학연구실에서는 많은 project들이 새로 시작되고 있습니다. 이에 관심있는 학생들을 모집하니 참고바랍니다.  여러 가지가 있는데, 한 가지는 교내연구로 진행되는 "기후변화대비 생물연구에 있어서의 IT mobile device의 활용 연구"에 공식적으로 참여할 학생을 모집합니다. 본 식물분류학 및 식물분류학실험을 열심히 수강한 학생들 중에 관심있는 학생이 있었으면 합니다. 할 일들은 1) 헨드폰으로 촬영한 잎 이미지에 의한 식물의 자동 동정 시스템 개발과 2) 한국식물에 대한 interactive key를 작성하고, 관련 어플을 만드는 작업으로 이를위한 기초데이타를 정리하고, 프로그래밍에 참여하는 것으로 생물연구와 컴퓨터 데이터베이스에 관심이 있는 학생이면 더욱 좋습니다. 공식적인 참여 연구원으로서 방학 중 실험실 생활을 하면서 연구에 참여하고, 소정의 인건비가 지급되며, 향후 생명과학연구과제 수강과목으로 전환하여 학점취득도 가능합니다. 많은 관심을 바랍니다.

 

보람된 방학을 보냅시다.!!!

 

아... 한가지 더... 커리큘럼 상으로는 2학년 2학기 과목으로 분자계통학 (영어) 수업이 있고, 이것을 기초로 생물정보학을 듣게 하는 것이 나의 의도였는데, 분자계통학을 듣고 생물정보학을 들은 사람이 매우 적었으니 이번학기 생물정보학을 들은 사람들 중 많은 사람이 분자계통학을 수강하길 바랍니다. 영어수업이라 부담은 있겠지만 생물정보학을 이미 들었으니 더 수월할 수 있을 것이고, 실제 실험과 병행하는 수업이니 분류-생태-유전-분자생물-유전체-생물정보 등의 분야로 공부를 계속하거나 뻗어나가고자 하는 사람은 꼭 듣기 바랍니다.

 

18. 리포트 미제출

지금까지의 5개 리포트의 미제출 상황 입니다.    

 

  Sequencher Seqin DNA secret of Life중간리포트
20091146  X    
20092467  X    
20101110      X

 

혹시나 착오가 있을 수도 있으니 반드시 확인하기 바랍니다.

 

 보정하지 않은 성적분포입니다.

A+는 정윤주, 김미정, 방민혜, 박수현, 윤정민 학생입니다.

 

공지사항 old  

Original 수업계획서

상세일정

1주차 3월 7일: 강의 계획 소개, 생물정보학에 대한 소개

         Intro

2주차 3월 14일: 유전물질, 유전자/단백질의 구조 등 생물정보학의 분자생물학적 기초. 교재 1장

       Chap1-Basics-part-I-PPT     Animation

      (PPT 파일의 링크를 모두 작동시키려면 animation 화일을 받아 압축 풀어 "Anomation" folder를 PPT 파일과 같은 folder에 넣어야 함.

       Paper1-alternative splicing  

3주차 3월 21일: DNA 염기서열 결정 (실습) primer design

        Chap1-Basics-part-2-PPT   Chap1-Basics-part-2-PDF    OLIGO 사용법  OLIGO PROGRAM  

        Molecular Phylogeny Workshop

        1st assiggnment  

4주차 3월 28일: (실습) Sequencher를 이용한 서열 분석자료 editing

         Paper2-454pyrosequencing  PAG meeting 후기  Sanger animation   454 animation   Illumina animation

         시퀀쳐 사용법    시퀀쳐Program(DEMO)   시퀀쳐 DATA    

5주차 4월 4일: Seqin을 이용한 sequence submission

         BIOINFORMATICS-NCBI-GENERAL-PPT  SEQIN PROGRAM  SEQIN사용법  SEQIN DATA

6주차 4월 11일:  국회의원선거일

 

7주차 4월 18일: Data Search and Pairwise Alignment. 교재 2장  

               Chap2-1 PPT      Paper3-GenomeDuplication paper    

 

8주차 4월 25일: (실습) CLUSTALX을 이용한 sequence alignment

             Chap2-2 PPT   CLUSTALX   Paper4-Ancestral Polyploidy paper -Nature

 

9주차 5월 2일: 중간고사  2011 중간고사 문제   2012 중간고사 문제

      특별세미나: 게놈연구재단 박종화 박사님

             세미나 PPT File            세미나 음성녹음(Windows 미디어플레이어로 재생)

10주차 5월 9일:  Substitution Pattern. 교재 3장

             Chap3-PPT  

11주차 5월 16일: Distance-Based Methods of Phylogenetics. 교재 4장

                           Character-Based Methods of Phylogenetics. 교재 5장     

            Chap4, 5-PPT

 

12주차 5월 23일:  (실습) MEGA, PHYLIP program에 의한 Phylogeny reconstruction.

       MEGAprogram    

       Paper5-김상태-Basal-most angiosperm review paper       Paper6-Kim et al 2001 Magnoliaceae paper  

       Phenetics vs. Phylogenetics-Rordford   Example DATA (Caex psbK~psbI)

       FINAL REPORT       Interleaved form 이란?

 

13주차 5월 30일: 생물정보 기업방문

 

6월 6일 현충일

 

14주차 6월 9일(토) 보강:  

(실습) De novo assembly process based on sequences generated by the next generation sequencing (NGS) technology

   이론 PPT       Assembly과정 메뉴얼    REPORT내용

       Reference sequence: 목련의 사촌인 Liriodendron cpDNA 전체서열에서 IR 한카피를 뺀 서열        linux 기본 명령어들  

 

 

15주차 6월 13일: 기말고사    2011-기말고사문제

 

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기타 다운로드와 유용한 웹사이트

 

DNA 생명의 비밀 (리포트는 3편)   3월 14일 ~ 3월 16일 까지만 OPEN

Phylogeny Programs: Washington Univ.